In de Tweede Fase volgen de leerlingen een individuele route. Er wordt een op persoonlijke maat gesneden programma van vakken samengesteld. Daarbij hebben leerlingen uiteraard te maken met de kaders, zoals die door de wet en onze school gesteld zijn.
Onderwijsprogramma
Het onderwijsprogramma in de tweede fase valt in drie delen uiteen: 

• het verplicht gemeenschappelijk deel heeft een algemeen vormende functie en vandaar een breed  aanbod aan vakken. Deze vakken moet iedere leerling volgen;
• het profieldeel geeft aansluiting op een breed scala aan vervolgopleidingen. Alle leerlingen kiezen minimaal één van de profielen: 
  - cultuur en maatschappij [C&M]
  - economie en maatschappij [E&M]
  - natuur en gezondheid [N&G]
  - natuur en techniek [N&T];
•  met keuzes voor vakken en programma-onderdelen die de school in het vrije deel aanbiedt, completeren leerlingen hun Tweede Fase programma. De keuzemogelijkheden binnen het vrije deel worden door de school bepaald en de school kan bepaalde vakken voor alle leerlingen voorschrijven.

Studielast
In de Tweede Fase wordt niet langer in lesuren gerekend. De tijd die voor een vak beschikbaar is, wordt uitgedrukt in studielast. Een schooljaar bestaat voor de leerling uit 40 werkweken van 40 uur ofwel 1600 uur per jaar. De bovenbouw van het atheneum omvat drie jaar, wat neerkomt op een totale studielast van  4800 uur.  
Begeleide zelfstandigheid
Een van de doelstellingen van de Tweede Fase is het vergroten van de zelfstandigheid van leerlingen, in het bijzonder het leren zelfstandig te werken. Op het Dominicus College is ervoor gekozen om de leerlingen niet meteen in het diepe te gooien. Er wordt gewerkt volgens het systeem van de begeleide zelfstandigheid: vanaf klas 4 wordt er (opbouwend) steeds meer door de leerling zelfstandig gewerkt. Dit gebeurt deels in de klas deels er buiten in de vorm van gerichte opdrachten.