In de Tweede Fase volgen de leerlingen een individuele route. Er wordt een op persoonlijke maat gesneden programma van vakken samengesteld. Daarbij hebben leerlingen uiteraard te maken met de kaders, zoals die door de wet en onze school gesteld zijn.
Onderwijsprogramma
Het onderwijsprogramma in de tweede fase valt in drie delen uiteen: 

• het verplicht gemeenschappelijk deel heeft een algemeen vormende functie en vandaar een breed  aanbod aan vakken. Deze vakken moet iedere leerling volgen;
• het profieldeel geeft aansluiting op een breed scala aan vervolgopleidingen. Alle leerlingen kiezen minimaal één van de profielen: 
  - cultuur en maatschappij [C&M]
  - economie en maatschappij [E&M]
  - natuur en gezondheid [N&G]
  - natuur en techniek [N&T];  
• met keuzes voor vakken en programma-onderdelen die de school in het vrije deel aanbiedt, completeren leerlingen hun Tweede Fase programma. De keuzemogelijkheden binnen het vrije deel worden door de school bepaald en de school kan bepaalde vakken voor alle leerlingen voorschrijven.
  Zo is bijvoorbeeld het volgen van een aantal Studium Generale bijeenkomsten verplicht